As atividades de ensino são gerenciadas por duas seções; uma que coordena os cursos de Pós-Graduação; e outra, os eventos de capacitação e estágios. Das ações de ensino desenvolvidas no HFA destacam-se os seguintes programas:
O Programa de Residência Médica - PRM, credenciado pela Comissão Nacional de Residência Médica (CNRM), oferece vagas em 18 especialidades. São elas: Anestesiologia, Cardiologia, Cirurgia Geral, Cirurgia Plástica, Cirurgia Vascular, Clínica Médica, Coloproctologia, Gastroenterologia, Medicina Intensiva, Obstetrícia e Ginecologia, Oftalmologia, Ortopedia e Traumatologia, Otorrinolaringologia, Pediatria, Pneumologia, Psiquiatria, Radiologia e Diagnóstico por Imagem, e Urologia. A admissão no PRM ocorre processo seletivo público realizado anualmente.
O PIS tem por objetivo oferecer instrução técnica aos militares e civis do HFA, oferecendo uma carga horária adequada para o aprendizado e capacitação em várias especialidades da área de saúde. O PIS não se constitui em um programa de Pós-Graduação Lato Sensu ou Stricto Sensu, tampouco equivale à Residência Médica. Atualmente o PIS é oferecido pelas especialidades de Anestesiologia, Cirurgia Geral, Cirurgia Plástica, Cirurgia Vascular, Neurologia, Oftalmologia, Psiquiatria e Radiologia.
Os estrangeiros podem participar de um programa semelhante ao PIS, isto é, não caracterizando um programa de Pós-Graduação Lato Sensu ou Stricto Sensu. Os candidatos podem pleitear vagas a partir de acordos governamentais firmados com este fim. Esta experiência iniciou há alguns anos, quando Oficiais angolanos vieram participar deste programa em diversas especialidades da área médica e de outras profissões de saúde, como Odontologia, Nutrição e Farmácia.
Para o público interno, o HFA disponibiliza cursos de curta duração e a participação em eventos científicos externos, como Congressos Nacionais e Internacionais, que estejam previstos no Plano Anual de Capacitação, a fim de capacitar e valorizar os servidores na busca constante da atualização e aperfeiçoamento técnico.
Estão sendo envidados esforços no sentido de implementar um Programa de Residência Multiprofissional em Saúde, com ênfase na abordagem interdisciplinar das ações no atendimento de pacientes críticos (terapia intensiva), oferecido aos profissionais das várias especialidades de saúde.
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